La historia y origen de este pueblo milenario comienza en los parajes antes llamados Cavas y Villavieja, y que hoy se conocen por el Camino Viejo que, comenzando en el Portal, pasaba por la Dula, la peña y los hundidos, hasta donde estuvo el puente antiguo o viejo; y extendiéndose a una y otra orilla del río Ega. En excavaciones realizadas sobre el año 1700 se descubrieron monedas de los emperadores romanos César Augusto y Tiberio, así como un cementerio hebreo, de la primera emigración judía de época muy anterior a Jesucristo; y todavía hoy existen vestigios, que son indicios evidentes de alguna población muy antigua que desapareció.
También existió un castillo, que acogió en su tiempo huéspedes tan ilustres como Isabel la Católica. Sobre 1517 correría la misma suerte que los demás de Navarra cuando mandó destruirlos el Cardenal Cisneros.
En 1550 en el lugar del castillo y con sus ruinas se construyó la iglesia que, tras posteriores reformas, quedó como es actual mente a partir de 1727. Esta iglesia dedicada a San Miguel es de estilo renacentista, y sus retablos, rococó y churrigueresco, destacando el del Rosario y el de Santa Catalina en madera policromada, obras de la escuela del famoso Juan de Ancheta; posee también esta iglesia otras obras de gran valor artístico, como una virgen de la Candelaria, pequeña talla artesanal y romanista, una arqueta con reliquias y un Cristo de marfil, cuya procedencia se atribuye a regalos de feligreses o de una Abadía que hubo en el pueblo.
Cárguar, Caracar y Karakarre, como fue llamado en épocas anteriores, la actual Cárcar viene tomando su nombre de la palabra del I. Ibero <<car>>,. que significa plaza fuerte o fortaleza, dado que en el pueblo existieron a la vez dos <<car>>, o fortalezas distintas, por lo que se deduce que finalmente lo llamaron Cárcar.
Su historia más conocida es a partir del año 910, cuando Sancho 1 de Navarra se hizo dueño de este señorío al vencer a los moros, que poseían una fortaleza con su población en lo que hoy es Santa Bárbara.
En el siglo XI fue reconquistada por el caudillo árabe Almanzor, y poco después perdida al ser derrotado por el rey navarro Sancho Garcés III el Mayor, el soberano español más poderoso de su tiempo.
Cárcar fue destruido el año 1277 en la guerra de Navarra contra Castilia. En 1414 ya reconstruido en su lugar actual, fue pasando a posesión de distintos dueños, como el rey D. Carlos, Doña Blanca de Navarra, Doña María de Peralta y, por último, a propiedad del Conde de Lerín. Su población era de unos 300 habitantes.
En 1507 terminó la guerra civil de Navarra entre Agramonteses y Beamonteses, en la que vencido el Conde de Lerín, don Luis de Beaumont, y desposeído de todos sus bienes, tuvo que refugiarse en Castilia, pasando Cárcar a poder de los vencedores reyes navarros D. Juan y D.' Catalina.
En 1512 el Capitán General de Castilia, Duque de Alba, invadía y tomaba Navarra, recuperando así el Conde de Lerín Cárcar y sus demás posesiones por mediación de su tío y aliado el rey Fernando el Católico.
Y, por último, el año 1757 una ley de las Cortes Españolas redujo el famoso Condado al solo pueblo de Lerín, adquiriendo entonces Cárcar su total independencia.
En la primera guerra carlista de 1833 falleció en la plaza de Abajo una hija del famoso General Zumalacárregui, que fue enterrada con honores militares, en el desaparecido cementerio del pueblo.
El siglo pasado ya tuvo el pueblo una de las primeras conserveras de Navarra, de los Sres. González y Cía., de la cual hay documentos y restos de su construcción en el lugar que, por ese motivo, se llama Las Fábricas.