En esta temporada la Junta Directiva, vuelve a confiar en la persona de Juan J. Rubio para dirigir al equipo.

      Sin embargo, los éxitos de otras temporadas no aparecen, en una campaña donde el equipo no pasa de la mediocridad general y con alguna jornada de por medio , sufre la convulsión de la marcha del entrenador.

De nuevo, Alfonso Pardo se hace cargo del equipo y en esta temporada el equipo decide no participar en la Copa y dar por concluida la temporada de antemano.

Temporada 2000/2001. Alineación C.D. Cárcar. De pie (izda a dcha): Azcona, Iván Mendoza, Vilches, Mikel, Jesus Mari, Pagola, Miguel y J. J. Rubio (ent). Agachados (izda a dcha): Mateo, Alfonso, Iñigo Mendoza, Pedro, Asier, Chocarro y Armando